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SNP位点测定
来源: | 作者:201321492800086 | 发布时间: 74天前 | 200 次浏览 | 分享到:
SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。

SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。


SNP绝大多数位于非编码区,多为转换,即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基,或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基,转换与颠换之比为2:1。目前,研究SNP突变变得越来越热门,因为SNP位点数量丰富,可以找到与各种遗传性状相关的突变,而且有些SNP与某些性状调控基因相邻,可以成为重要的分子标记。


SNP检测方法有TaqMan探针法(进行实时荧光PCR扩增),高分辨率熔解曲线分析法(HRM),Mass Array法(质谱检测)和直接测序检测等,但是以上方法均需要昂贵的技术设备做支撑,而且操作技术水平要求较高。目前,如果想将一个SNP的分子标记推广开来,且要实现快速分析,可以通过特殊的引物设计方法扩增PCR产物,直接利用普通传统电泳法或者毛细管电泳技术完成快速检测。


以中国药科大学药物分析教研室和南京军区联勤部药品仪器检验所开发的一个SNP分子标记,用于区别人参(Panax ginseng C.A.Mey)和西洋参(Panax quinqufoliw L.)的一个科研成果为例。首先,通过查找GenBank,寻找SNP位点,发现人参、西洋参在5.8s基因的235 bp处,人参为A,西洋参为G; 414 bp处,西洋参为T,人参为C。其次,选择这2个SNP位点进行特异性引物设计和PCR扩增,3’端的最后一个碱基与SNP位点互补。为了提高扩增特异性,在引物 3’端的第 3 个碱基处人为引入 1 个错配碱基,最终设计出来的三条引物中,有一条是公共引物 Pl: 5' -cgaaacctgcatagcagaac- 3’,再是人参特异性引物ASA-3:  5’-agagccgagatatccgttgT-3’,及西洋参特异性引物ASA-4:  5’-cgcctcgactcccgcaaA-3’。最终PCR产物电泳结果显示,扩增产物大小为252bp的为人参,430bp的为西洋参,简单明了(图1)。另外,基于毛细管电泳的高灵敏度特性,当人参中掺有5%比例的西洋参核酸DNA时,也可检测到西洋参的扩增讯号(图2),此特性可以用于出入境的食品药品真假及纯度鉴定。