DNA质量评分：DQN
通过计算基因组质量评分DQN（DNA Quality Number），可以高效地评估gDNA的质量。由Qsep开发的片段分析仪，其数据分析软件可评估每个样本与用户定义的特定应用阈值用于“高质量的DNA”评分，并指定0到10之间的DQN值。数值反映高于定义的阈值的DNA的百分比。
对于FFPE提取的gDNA样本，Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统软件具有基因组DNA质量评分值（DQN）系统，可以高效评估FFPE基因组样本质量。可为样本库中评价核酸的质量标准提供数字化的标准。
不同质量全血基因组检测图（左图DQN:8.6；右图DQN:6.3）
不同质量FFPE基因组检测图（左图DQN:9.7；右图DQN:2.7）
RNA质量评分：RQN
Qsep全自动核酸蛋白分析系统有两个指标可用于评估RNA的质量。首先是软件计算RNA质量评分数值RQN（RNA Quality Number），RQN值范围为1到10， 是基于专有的计算算法，考虑RNA电泳图谱的整个分布。
不同质量RNA样本RQN值比较（左图RQN:2.03；右图RQN:9.5）
total RNA样本梯度稀释结果
虽然RQN值是从新鲜组织分离的RNA质量的可靠质控标准，但它们并不是福尔马林固定的石蜡包埋（FFPE）样本的RNA质量的准确质控评价手段。为了解决这个问题，Illumina的科学家开发了DV200检测标准，可以计算RNA片段大于200nt大小的百分比。考虑到DV200值和二代文库产量之间的更强的相关性，与RQN值相比，DV200评分体系对于评估FFPE RNA质量是更为贴切的。Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统可以直接提供不同样本的DV200的数值。
不同质量Total RNA样本DV200值比较（FFPE提取）
（左图:DV200：54.6%；右图:DV200：78.3%）
文库构建过程的质量控制
结合Qsep提供的DQN值可判断是否可进行建库。根据不同大小的DQN数值也可设置不同的打断条件，以期获得稳定的符合预期的片段大小，将片段化后的样本按照标准流程进行文库构建，利用Qsep仪器可以分析文库片段大小的分布范围是否符合建库的要求（见图7）：左侧是一个正常的打断文库，右侧文库在打断中，没有打断彻底，导致文库整体片段偏大，不建议继续进行下一步验。
图7.不同文库比较，左图：正常文库，右图：片段偏大文库
图8. 文库片段分布分析
在上机前文库质控中，可通过Smear分析确定文库的主要片段分布区域，以及其平均片段长度。
在整个二代测序过程中，无论是对核酸的质控还是对文库打断样本和上机前文库的质控，Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统可以为用户更简便，更准确地提供对应的数字化质控数据，为后续的高质量的测序数据提供保证。
