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意义重大的 cfctDNA 样本,你做好质控了吗?
来源: | 作者:201321492800086 | 发布时间: 12天前 | 48 次浏览 | 分享到:
Qsep 系列全自动核酸蛋白分析系统

游离 DNA(cell-free DNA,cfDNA)是一种血液或体液中游离于细胞之外的 DNA。在某些疾病或特殊状态下,细胞也会释放游离 DNA 入血,其中包括来源于肿瘤细胞的循环肿瘤 DNA(Circulating tumor DNA,ctDNA),来源于胎儿的 cfDNA 等。随着有效的 cfDNA 分离技术的出现和发展,cfDNA 用于疾病早期诊断、预后评估、疗效监测等方面的潜在价值受到越来越多的关注。检测血浆或血清中 cfDNA 可视为一种"液体活检",有利于开展各种相关诊断,并能避免有创的组织活检。以血液为检测标本,使重复采集检测样本成为了可能,从而有利于对疾病的发展及肿瘤的治疗过程进行跟踪监测。  




ctDNA 在肿瘤精准医疗中的应用

有研究发现,Ⅳ  期癌症患者的 ctDNA 浓度与Ⅰ期患者相比增加了 100 倍,表明血浆中 ctDNA 的浓度可能与肿瘤发展阶段相关。而癌症的早期干预可明显改善患者生存质量,研究显示 82% Ⅳ 期癌症患者检测到 ctDNA,而Ⅰ期患者检出率在 47%。


cfDNA 中的甲基化和核小体占有模式可以编码组织特异性和细胞特异性信息。研究血浆中组织特异性甲基化信号,使每个组织对整个 cfDNA 池的相对贡献量子化,这使得今后通过测定组织特异性 ctDNA 来确定癌症转移扩散部位或位点成为可能,即提示了来自液体活检的原始组织信息可能有助于肿瘤定位。



无创性产前诊断

产前诊断是预防出生缺陷的主要干预措施之一。孕妇外周血中胎儿游离核酸的发现为无创性产前诊断及妊娠相关疾病提供了新的途径。因胎儿游离核酸具有含量丰富、出现时间早且产后迅速清除等特点,更加适用于产前诊断,胎儿性别鉴定和 RHD 血型分型、孟德尔疾病、异倍体检测、妊娠合并症方面的应用。


游离核酸与自身免疫病、器官移植、肾癌和肝细胞肝癌等也有着密切关系。


尽管 ctDNA 与临床表型的相关性已得到证实,但要提高其在临床应用的准确性,仍需大规模人群队列研究,而提高 cf/ctDNA 样本的质量是成功应用的关键,因此对 cf/ctDNA 的质控非常重要。从血液中提取的 cf/ctDNA 浓度一般都极低,而且体积有限,传统琼脂糖电泳和常规仪器很难检测到,更不用说对样本分子量大小及大片段污染的质控。这时就需要一款专业且灵敏度高的核酸质控仪器,而 Qsep 系列全自动核酸蛋白分析系统就是 cf/ctDNA 样本质控的不二选择

Qsep 系列全自动核酸蛋白分析系统凭借其高灵敏度 N1 卡夹,能轻松完成cf/ctDNA这类极低浓度核酸样本的质控,且速度快,样本需求量少。cf/ctDNA 样本质控最关键的两个参数是分子量大小以及是否有大片段污染,而这两个参数都能会在 Qsep 检测结果中直接显示,使样本质量的高低一目了然。

图 1 Qsep 系列全自动核酸蛋白分析系统




实际案例


图 2  0.07ng/ul cfDNA 质控结果

图2为Qsep设备上检测的一个浓度只有 0.07ng/ul 的cfDNA 样本。如图所示,低浓度的cfDNA在Qsep仪器上能检测到明显的样本峰,且同一样品三次重复测试结果显示峰形完全一致。

图 3  不同质量 cfDNA 样本质控结果

图3是两个不同质量 cfDNA 样本的质控结果图。从图中可以看出样本B的主峰明显,且大于 1000bp 的部分基本没有大片段残留,是一个合格的 cfDNA 样本;而样本A 在大于 1000bp 的区域仍存在明显的样本峰,说明该样本有大片段污染,是一个不合格的 cfDNA 样本。