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核酸质控——解决分子实验后顾之忧
来源: | 作者:201321492800086 | 发布时间: 52天前 | 154 次浏览 | 分享到:



 

 核酸质控是分子实验的基础!

对于分子实验室的科研人员来说,核酸的质量直接影响下游实验的成功与否。毫无疑问,浓度高、纯度高、片段完整的核酸,是实验室人员理想的核酸样品。从组织、细胞、微生物等来源纯化并富集目标核酸,在进一步处理核酸样本前,应先对核酸浓度、纯度、以及核酸片段完整性进行质控。测量浓度是为了符合下游实验的样本需求量;检测纯度是为了确定样本中是否具有其他核酸、蛋白或化学物质的污染;片段完整性则是评判样本是否有降解的关键点。


 

 如何质控核酸浓度和纯度?

EzDrop 1000超微量分光光度计,可提供核酸(DNA/RNA)浓度和纯度的质控。仅需3秒钟即可快速完成样本浓度及纯度的检测。EzDrop 1000动态可检测波长范围可达190-1000nm,同时样品基座具有纳米疏水涂层,以确保获得高精准度结果。EzDrop 1000拥有直观的操作触摸屏,操作快速简单,帮助客户轻松完成样本质控。

EzDrop 1000超微量分光光度计

EzDrop 1000检测主界面


DNA/RNA浓度质控 对于浓度测定,只需在EzDrop 1000主界面上选择“Nucleic Acid”按钮,数据清零之后,往载物台上滴加1-2ul样本,3秒钟之后仪器便会给出样本的浓度数值,载物台LED辅助灯以及纳米疏水涂层的设计,更加确保结果的准确性。


EzDrop 1000 载物台

LED辅助灯设计

EzEzDrop 1000 载物台

纳米疏水涂层设计


DNA纯度质控 标准方法是超微量分光光度计(光吸收)法,通过A260/230和A260/280的比值来判定DNA的纯度。当样品DNA的A260/A280为1.8-2.0时,认为已达到所要求的纯度。在样品中含有蛋白质或苯酚等杂质时,会使A260/A280的比值发生改变。如果A260/A280<1.6,说明有蛋白质或酚等污染。如果A260/A280>2,说明RNA没有除干净或DNA已变性。


RNA纯度质控 标准方法是超微量分光光度计(光吸收)法,通过A260/230和A260/280的比值来判定RNA的纯度。通常A260/280的比值范围在1.8-2.0之间,如果A260/280>2.0则说明RNA已经降解,如果A260/280<1.8则说明含有蛋白质或其他杂质;而A260/230<2,则表明RNA中含有酚类,盐等杂质。

EzDrop 1000 DNA样本测量界面


 

 如何质控片段完整性?

核酸样本不仅需要测量浓度(总量),片段完整性也是评判样本质量的关键点,因此还需对样本完整性进行质控。Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统是核酸样本完整性质控的不二选择。

Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统


DNA片段完整性质控 Qsep软件具有基因组DNA质量评分值(DQN)系统,可以高效地评估gDNA的质量。数据分析软件会根据样本的降解程度以及该样本高于设定阈值部分的占比,给出0到10之间的DQN值,DQN值越高说明样本完整性越好,即样本质量越高。

不同质量gDNA样本DQN值比较


RNA片段完整性质控 由于RNA酶广泛存在,RNA样品十分容易发生降解,而RNA的降解会直接导致下游实验的失败。因此,RNA样本完整性质控显得更为重要。

对于降解程度比较低的Total RNA样本(例如血液、新鲜组织提取的RNA),Qsep软件具有RNA质量评分值(RQN)系统,软件会根据18s和28s的完整性以及峰面积比,给出1到10之间的RQN值,RQN值越高说明样本完整性越好,即样本质量越高。

不同质量Tatol RNA样本RQN值比较(血液提取)


对于降解程度比较严重的Total RNA样本(例如FFPE提取的RNA),通常18s和28s基本完全降解,因此不适合用RQN值来评判这类样本的质量。针对这类样本,Qsep软件具有另一个RNA质量评分值DV200,即样本中大于200nt部分的占比数。DV200值越高,说明样本降解程度越低,即样本质量越高。


不同质量Tatol RNA样本DV200值比较(FFPE提取)


综上所述,EzDrop 1000超微量分光光度计搭配Qsep系列全自动核酸蛋白分析系统,可以完美做到核酸样本的浓度、纯度以及完整性全方位质控,使分子实验再无后顾之忧。